Lekárska genetika

Diagnostika ochorení v odbore Lekárska genetika je vykonávaná v rámci vzájomnej spolupráce troch odborných pracovísk: ambulancie lekárskej genetiky, cytogenetického laboratória a laboratórií molekulárnej genetiky. 

Pri podozrení na ochorenie, pri ktorom by mohol pacient profitovať z genetickej laboratórnej diagnostiky, sú dve možnosti postupu. Len pri relatívne úzkej skupine molekulárno-genetických vyšetrení, nazývaných aj rutinná diagnostika (potravinové intolerancie, trombofílie, celiakia a niektoré iné) je možná indikácia vyšetrenia viacerými špecialistami a odobratý materiál sa odošle priamo do genetického laboratória. Pri podstatne väčšej skupine ochorení definovaných ako zriedkavé ochorenia je nutný manažment pacienta prostredníctvom ambulancie lekárskej genetiky.

Pracovisko lekárskej genetiky v Bratislave na Poliankach začiatkom roku 2019 začalo realizovať najmodernejšie testovanie prostredníctvom sekvenátorov novej generácie NextSeq550 a iSeq100, ktoré umožňujú realizovať veľké panelové analýzy, analýzu klinického exómu a genómu.

Okruh pacientov

Okruh pacientov v oblasti lekárskej genetiky je rozsiahly a rôznorodý a neustále rastie. K najbežnejším indikáciám patria nasledovné:

• dieťa s vrodenou vývojovou chybou,
• zaostávanie dieťaťa v psychomotorickom vývine, závažné poruchy reči, správania, učenia,
• partnerský pár trpiaci primárnou neplodnosťou, opakovanými potratmi, narodením mŕtveho dieťaťa,
• plánovanie gravidity v rodinách s genetickým ochorením,
• onkologické ochorenie u pacienta v mladom veku,
• opakovaný výskyt onkologických ochorení v rodine,
• tehotenstvo so zvýšeným genetickým rizikom (patologické výsledky skríningu, USG, vysoký vek rodičov),
• neurodegeneratívne ochorenia,
• patologický nízky vzrast, obezita, poruchy sluchu, zraku,
• pacienti s výskytom atypického tromboembolizmu (mladý vek, neobvyklá lokalizácia, rekurencia),
• pacienti s poruchami trávenia, suspektnými potravinovými intoleranciami, vrodenou hepatopatiou,
• prognóza terapie niektorými cytostatikami, warfarínom a inými liečivami.

V prípade pochybností o najvhodnejšom postupe je optimálne konzultovať prípad so špecialistom v ambulancii lekárskej genetiky.

V rámci rutinnej genetickej diagnostiky vyšetrujeme napríklad trombofilné mutácie, potravinové intolerancie, dyslipidémie a iné. Z hľadiska komplexnosti prístupu v molekulárno-genetickej diagnostike poskytujeme širokú škálu moderných postupov s využitím najmodernejšej techniky, akým je sekvenovanie novej generácie (NextSeq550 a iSeq100 od firmy Illumina) alebo tiež aCGH (komparatívna genómová hybridizácia). V neposlednej rade ponúkame diagnostiku širokého spektra zriedkavých ochorení, pričom naše portfólio obsahuje viac ako 650 chorobných jednotiek (patrí sem napr. Duchennova muskulárna dystrofia, neurofibromatóza, Marfanov syndróm a iné). V oblasti onkogenetiky a predispozícií k onkologickým ochoreniam vieme stanoviť prítomnosť patogénnych variantov pri viac ako 50 onkogenetických chorobných jednotkách (ako napríklad analýza génov BRCA1 a BRCA2 zodpovedajúcich za vrodenú predispozíciu k dedičnej forme rakoviny prsníka a ovárií a mnohých iných), v oblasti molekulárnej patológie robíme genetickú analýzu somatických variantov v nádorovej DNA v génoch EGFR, KRAS, NRAS, BRAF atď. Prenatálne zabezpečujeme tzv. rýchlu diagnostiku aneuploídií, aCGH a cielenú diagnostiku prítomnosti známeho patogénneho variantu v súvislosti s monogénovými ochoreniami.

Podmienkou úhrady uvedených druhov vyšetrení zdravotnými poisťovňami je indikácia klinickým genetikom.

Cytogenetické laboratórium je vybavené modernými mikroskopmi Olympus, Nikon a Leica, na urýchlenie kultivácie využívame CO₂ inkubátor Memmert a N-BIOTEK. Na hodnotenie karyotypov používame hodnotiaci softvér LUCIA. Analýzu karyotypov realizujeme z leukocytov periférnej krvi a amniocytov plodovej vody. Karyotypy sú hodnotené podľa medzinárodného štandardu ISCN 2013, podľa slovenských a medzinárodných štandardov sa hodnotí konvenčné farbenie, G- a C-prúžkovanie chromozómov. 

V rámci molekulárnej genetiky využívame techniky PCR, Real Time PCR, MLPA, MS-MLPA, fragmentačnú analýzu, ďalej metódu priameho sekvenovania (Sangerova metóda, ktorá je v súčasnosti považovaná za zlatý štandard v molekulárnej genetike), ako aj tzv. sekvenovanie novej generácie. Pracoviská molekulárnej genetiky disponujú týmto prístrojovým vybavením: real-time PCR cykléry (LightCycler 1.5, LightCycler 2.0, LightCycler 480, Cobas z 480 od firmy Roche, Rotor-Gene 3000 od Corbett) a genetickými analyzátormi (ABI Prism 3100 a 3130xl od firmy Applied Biosystems, NextSeq550 a iSeq100 od firmy Illumina).

Najnovším vyšetrením, ktoré ponúkame, je prenatálny neinvazívny test TOMORROW spoločnosti CGC Genetics, ktorý je vhodný na detekciu najbežnejších aneuploídií: trizómia chromozómov 21, 18 a 13, stanovenie chromozómového pohlavia plodu a vyšetrenie numerických aberácií pohlavných chromozómov (monozómia X, XXX, XXY, XYY). Test možno vykonávať už v 12. týždni gravidity a je vhodný pre všetky gravidné ženy, nezávisle od veku alebo stupňa rizika tehotenstva. Možno ho vykonávať aj v prípade dvojičiek a IVF. Pri teste sa prostredníctvom technológie sekvenovania novej generácie (NGS) analyzujú fragmenty materskej a fetálnej cirkulujúcej DNA. Následne sa zmapuje množstvo sekvencií zodpovedajúcich každému chromozómu, ktoré sa ďalej analyzuje pomocou komplexnej bioinformačnej analýzy s využitím platformy ILLUMINA. Identifikácia chromozómového pohlavia plodu (fetálne pohlavie) sa vykonáva pomocou detekcie prítomnosti alebo neprítomnosti chromozómu Y v materskej krvi. Potenciálna prítomnosť aneuploídie sa deteguje porovnávaním materského a fetálneho genómového materiálu s referenčnými hodnotami. Bližšie informácie nájdete na stránke TOMORROW test.

Viac informácií o našich pracoviskách lekárskej genetiky nájdete tu.